In Chicago nimmt das Verbrechen überhand. Mystery und seine Heldentruppe sind völlig überfordert und suchen neue Rekruten. Der Spieler erweckt eine Superkraft seiner Wahl, bekämpft das Böse und verbessert seinen Ruf in vielen spannenden Missionen. Denn hier ist der Spieler der neue Superheld!
Im Spiele-Comic Mystery fängt der Spieler ganz normal von vorne an, den Comic zu lesen. Nach kurzer Zeit taucht das erste Mal ein Panel auf, in dem eine oder mehrere Zahlen zu sehen sind – im Text oder irgendwo auf dem Bild. Der Spieler entscheidet, wo er weiterlesen will, und blättert zu dem Panel mit der entsprechenden Zahl. Von da an verläuft die Geschichte kreuz und quer durch den ganzen Comic und immer wieder entscheidet der Spieler, wie es weitergeht.